El 24 de diciembre de 1879, durante el gobierno de don Nicolás de Piérola se creó la Secretaría de Fomento, que comprendía los sectores de Obras Públicas, Industria, Comercio y Beneficencia. Posteriormente, el 18 de enero de 1896, la Cámara de Senadores promulgó la ley que creó el Ministerio de Fomento y Obras Públicas, que contenía los sectores de Obras Públicas, Industria y Beneficencia.
El 25 de enero de ese año se expidió la Resolución Suprema nombrando al Ingeniero Eduardo López de Romaña, ex Presidente de la República, primer Ministro de Fomento y Obras Públicas. El Ministro despachaba en una oficina de Palacio de Gobierno, posteriormente fue trasladado a un local donde hoy se levanta el Palacio Municipal.
En 1910 se dispuso su traslado permanente al Palacio de la Exposición, donde compartía las instalaciones con el Concejo Municipal de Lima; con el tiempo este local resultó insuficiente y se albergó en el edificio ubicado en la avenida 28 de julio, el cual fue construido expresamente para la Exposición Minera, Industrial y Agrícola en 1924.
El sábado 26 de setiembre de 1925 fue inaugurado el edificio que ocupó durante casi 80 años, contando con la concurrencia del presidente de la República de aquel entonces, Augusto B. Leguía. En ese entonces se desempeñaba como Ministro de Fomento y Obras públicas el Dr. Pedro José Rada y Gamio, quien inició su discurso con la frase "Señor presidente de la República, venía a inaugurar este edificio monumental destinado al funcionamiento del Ministerio de Fomento, centro que irradia, en los ramos de su actividad, el progreso del país, obra de vuestras sorprendentes facultades de estratega, y del empuje inmensurable de vuestro excelso corazón, de patriota".
Durante el gobierno del Gral. de División EP Juan Velasco Alvarado, el Ministerio de Fomento y Obras Públicas cambió de nombre por el Ministerio de Transportes y Comunicaciones. La ley orgánica fue publicada el 25 de marzo de 1969, según el Decreto Ley Nº 17271; el 1º de abril de ese año, entró en funcionamiento con el propósito de apoyar a los demás sectores mediante el transporte y las comunicaciones.
Según el
Decreto Ley Nº 25491 publicado el 11 de mayo de 1992, se fusionó el sector Vivienda y Construcción, denominándose desde ese entonces Ministerio de Transportes, Comunicaciones, Vivienda y Construcción, asignándosele mediante Decreto Ley Nº 25862 la misión de planificar, formular, dirigir, coordinar y evaluar las políticas relacionadas al sector en armonía con los planes de desarrollo del país.
Finalmente, el 10 de julio del 2002 se aprobó la Ley Nº 27779 en la cual se aprobaba la separación del sector Transportes y Comunicaciones del sector Vivienda y Construcción y la modificación de la organización de los ministerios. Posteriormente estas disposiciones fueron modificadas y precisadas con la
Ley Nº 29158, Ley Orgánica del Poder Ejecutivo, que estableció 15 ministerios entre los que figuraba el Ministerio de de Transportes y Comunicaciones, cuya función es integrar interna y externamente al país, para lograr un racional ordenamiento territorial vinculado a las áreas de recursos, producción, mercados y centros poblados, a través de la regulación, promoción, ejecución y supervisión de la infraestructura de transportes y comunicaciones.
En diciembre del 2005 el MTC varió de domicilio. El edificio ubicado en el cruce de las avenidas Zorritos con Tingo María, que anteriormente ocupaba la empresa Electrolima, lo alberga en la actualidad. Este moderno local brinda mayores comodidades a los usuarios y trabajadores del Ministerio ya que cuenta con amplias instalaciones, mejor infraestructura, áreas verdes, estacionamientos y lo más resaltante, es que el Ministerio por fin cuenta con un edificio propio.
